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Pour identifier, et potentiellement réagir, à des protéines inconnues, les lymphocytes B et T ont à leur surface un type de récepteur unique, qui a la particularité de contenir une région très variable selon les cellules. Ces récepteurs sont générés aléatoirement lors de la formation de la cellule et, dans le cas des cellules B, peuvent encore muter pour augmenter leur réactivité et leur spécificité.

L’ensemble de tout ces récepteurs s’appelle le répertoire immunitaire. C’est en général l’objet que j’étudie. Ces répertoires immunitaires contiennent un nombre (très) importants de récepteurs différents et une réponse immunitaire, même contre un pathogène donné, ne fait jamais intervenir un récepteur seul. Les méthodes statistiques et une vision systèmique du système ont donc une certaine utilité pour comprendre ces systèmes.

Le répertoire des cellules B est particulièrement intéressant. Au cours d’une infection, les cellules B s’accumulent dans les nodes lymphatiques et leurs récepteurs mutent pour pouvoir se lier aux protéines du pathogène.

Ce processus, appelé maturation d’affinité, est similaire à une évolution Darwinienne. Les cellules B se multiplient et mutent et seules celles qui ont la plus grande affinité vis-à-vis de l’antigène survivent. Cela mène à la création de famille clonales, des ensembles de cellules proches, qui ont évolués pour s’attaquer à un antigène spécifique.

Pour étudier ce phénomème, nous combinons l’étude in-silico du répertoire des cellules B humaines avec des mesure in-vitro de l’affinité à travers un système d’expression sur levure.